Fernando, el cuarto de los hermanos de la familia Castillo-Negrete, clan que sufrió duramente la represión, se forma como perito agrícola en Madrid y obtiene, en 1933, el título de Técnico Agrícola especializado en Fitopatología y Fertilizantes. Trabaja como traductor en el Ministerio de Agricultura y es profesor de la Academia Preparatoria de Ingenieros Agrónomos de Bermejo y Paniagua (Madrid). Posteriormente, es nombrado Delegado Técnico del Centro de Información Agrícola de la Cianamina (Madrid).

Al estallar la Guerra Civil se incorpora al ejército republicano y hasta enero de 1937 está destacado en el frente de Madrid. Durante varios meses, ocupa el cargo de Secretario de la Dirección General de Agricultura pero, ante la gravedad de los acontecimientos, renuncia voluntariamente al cargo para incorporarse al 27 batallón de carabineros de la 87 Brigada Mixta. Alcanza el grado de capitán por méritos de guerra.

El 5 de febrero de 1939 en una evacuación masiva ordenada por el Ministro de Hacienda, pasa a Francia junto a su hermano Carlos por la Junquera, siendo recluido en el campo de concentración de Les Anciens Haras. Más tarde consigue partir hacia México.