Nace en Macael (Almería) en 1891 en el seno de una pequeña familia burguesa progresista. En 1916, se licencia en Derecho y siete años más tarde en Medicina, especialidad en Terapéutica Operatoria. También hace otros cursos de Tocología y Ginecología. Completa sus estudios y obtiene el título de Forense e Inspector Municipal de Sanidad.

En 1926, es nombrado Inspector de Sanidad y titular de Ginecología, desde entonces y durante una década, ejerce en su pueblo natal su verdadera vocación, “médico rural”, a la vez que la abogacía.

Durante la Guerra Civil, Rubio Ortiz es alcalde de Macael y su fama de hombre justo se extiende por la comarca. Las personas de derechas, en ocasiones, le piden amparo. Ocupando el cargo de teniente médico marcha al Frente de Jarama y, en octubre de 1937, es ascendido a capitán médico. Posteriormente, le trasladan a Pozorrubio (Cuenca), al Hospital de Sangre.

Un día antes de finalizar la guerra Juan Rubio Ortiz llega a Alicante para partir hacia México. En el último momento desiste y vuelve a Macael, allí están su esposa y sus hijos. Se esconde en un zulo, pero a los pocos días se presenta en Purchena (Almería) donde es detenido e ingresado en prisión.

Él mismo elaborará su defensa presentando más de una veintena de testimonios favorables. El tribunal, ante tan contundentes avales y bajo presiones recibidas por reconocidas personas de derechas, traslada a Juan a Macael y pronto sale en libertad. Pero este hecho provoca la reacción de un grupo de falangistas que vuelven a denunciarlo.

De esta forma, en sentencia dictada en febrero de 1940, Juan Rubio Ortiz es condenado a veinte años de reclusión por Auxilio a la Rebelión. Se le acusa de haber pertenecido a la masonería, haber sido alcalde, presidente local de Izquierda Republicana, presidente del Frente Popular y capitán médico en el Ejército Popular Republicano. Finalmente es indultado el 24 de abril de 1948.