Nace y reside en Almería, está casado y, desde 1934, es el farmacéutico titular de Viator (Almería). Al inicio de la Guerra Civil es enviado a Ugíjar (Granada), por orden del presidente de la Diputación provincial de Almería. Allí se hace cargo de la farmacia del Hospital Militar.

Con igual misión es trasladado en diciembre de 1936 a Cádiar (Granada) donde permanece cinco meses. Cumplido este plazo es destinado, con el rango de alférez de Sanidad, en el Hospital Militar de Almería. Dos meses más tarde es ascendido a teniente y al mes siguiente a capitán.

Ya en septiembre de 1938 lo trasladan como jefe de la farmacia a la Clínica de Cirugía situada a unos cuatro kilómetros de Almería. En diciembre de ese mismo año, es reclamado en el Cuadro Eventual del Ejército de Andalucía en Baza (Granada), donde permanece hasta marzo de 1939.

Cuando finaliza la guerra, Rafael Muñoz Ocaña es detenido e internado en el campo de concentración de Viator y, más tarde, en el campo de concentración de Rota (Cádiz). En julio de 1939, se le inicia proceso judicial, se le acusa de haber estado afiliado a Izquierda Republicana. Es condenado a doce años y un día de reclusión. Un año más tarde, se le concede la libertad condicional con destierro. Rafael Muñoz Ocaña establecerá su residencia en Sevilla.